Historie ostrova Ios sahá do rané doby bronzové (3. tisíciletí př. n. l.). V té době zde prosperovala kykladská civilizace, o čemž svědčí významné naleziště Skarkos. Podle legend je Ios rodištěm matky básníka Homéra a je místem jeho posledního odpočinku. Ostrov byl osídlen Pelasgy, Achájci a později Ióny (kolem 1 050 př. n. l.). Posléze ostrov, stejně jako celá oblast, přechází pod římskou a byzantskou nadvládou. Ve 13. století se stal součástí Benátské republiky. Od 16. století byl ostrov na dlouhou dobu pod nadvládou Osmanské říše. Během řecké války za nezávislost (1821) se Ios aktivně zapojil do boje a následně se stal součástí novodobého Řecka.
Během 2. světové války byla, podobně jako u jiných řeckých ostrovů, je historie poznamenaná okupací. Po pádu Řecka v roce 1941 byl ostrov nejdříve okupován italskými silami. Po italské kapitulaci v září 1943 převzaly kontrolu německé jednotky, což přineslo tvrdší režim. Přichází hladomor a oblast i samotný ostrov upadají. Ostrov byl strategickým místem pro námořní pozorování a rádiová spojení. Dne 24. dubna 1944 provedla britská Special Boat Service (SBS) nálety na Kykladské ostrovy, včetně Iosu, s cílem zničit německá námořní pozorovací stanoviště a radiostanice. Po osvobození v roce 1944-1945 se ostrov potýkal s následky války, což vedlo k vlně vystěhovalectví, kdy obyvatelé hledali lepší život v Aténách nebo v zahraničí.
Turistickou destinací se ostrov stává až o hodně později. Dnes je již oblíbeným cílem turistů, přesto se nejedná o masovou turistiku jako například u jiných kykládských ostrovů.
