Ithaka je jónský ostrov se skutečně bohatou historií. Je celosvětově proslulá především jako bájný domov krále Odyssea z Homérových eposů. Osídleni ostrova se váže již na dobu mykénskou, kdy měl ostrov Ithaka být domovem Odyssea. Od 12. století je ostrov v obsazení Normany a následně pod vlivem benátské správy (od 16. století). V této éře zažívá ostrov rozkvět. V novověku (19. století) přichází období francouzské a rusko-turecké správy. V roce 1809 se dostal pod britský protektorát. V roce 1864 se Ithaka, stejně jako další jónské ostrovy (tzv. Eptanisa), připojí k Řeckému království.
Během 2. světové války sdílela Ithaka osud ostatních Jónských ostrovů a prošla dvojí okupací. Italská okupace (1941-1943) po pádu Řecka v dubnu 1941 obsadila ostrov italská vojska. Italové se sice snažili o „italizaci“ oblasti, nicméně ve srovnání s pozdější německou správou byl režim na ostrově relativně mírnější. Německá okupace (1943-1944, po kapitulaci Itálie v září 1943): kontrolu převzalo nacistické Německo. Toto období bylo plné represí a nedostatku potravin. Ithaka byla využívána coby strategicky bod ke kontrole námořních cest. Řecké odbojové skupiny prováděly sabotáže a podporovaly spojence. Němci Ithaku opustili v říjnu 1944, krátce předtím, než bylo osvobozeno pevninské Řecko.
V roce 1953 je Ithaka (stejně jako další ostrovy, zejména pak Kefalonie) postižena ničivým zemětřesením, které způsobilo značné škody.
V dnešní době je ostrov Ithaka zajímavou turistickou destinací, turismus je zde ovšem v omezené míře, což Ithace uchovává její autentičnost a původní ráz.