Naxos, největší ostrov Kyklád, má bohatou historii. První osídlování sahá až období před 200 000 lety. Naxos proslul spojením s mýty o Dionýsovi a Ariadně. V mýtech byl znám jako ostrov boha vína a veselí Dionýsa. Podle řecké mytologie byl dokonce Zeus, nejvyšší z řeckých bohů, vychován právě zde, v jeskyni na hoře Zas (nejvyšší vrchol Kyklad). Mytologie taktéž praví, že Théseus zde zanechal krétskou princeznu Ariadnu poté, co mu pomohla uniknout z labyrintu s Minotaurem. Dionýsos se s Ariadnou právě na ostrově Naxos oženil a stal se jeho patronem.
V 8. a 7. stol. př. n. l. byl taktéž námořní velmocí. Později, v 5. stol. př. n. l., se dostal pod vliv Athén a stal se členem Athénského spolku. Z této doby pochází známá Portara (chrám Apollona). Po pádu Říma byl součástí Byzantské říše, což je období rozvoje křesťanství. Po čtvrté křížové výpravě přichází období Benátčanů (1207 - 1566). Ostrov dobyl Marco Sanudo, který založil Vévodství Naxos. Benátčané silně ovlivnili architekturu a kulturu ostrova (např.: Kastro). Osmanská nadvláda nahradí Benátčany (1566 - 1821), přesto si ostrov zachovává značnou autonomii a není plně islamizován. V roce 1832 se nakonec stává součástí moderního Řecka.
Během 2. světové války prošel Naxos, podobně jako celé Řecko, těžkým obdobím okupace mocnostmi Osy, které přineslo izolaci a hladomor. Po pádu Řecka v dubnu 1941 byl Naxos začleněn do italské okupační zóny. Italové na ostrově vedli posádku, a to až do roku 1943, kdy kapitulovali. Následuje převzetí moci Němci. Za jejich okupace dochází k mnoha represím, ostrov je izolován a místní obyvatelstvo trpí hladem. Vzniká silný odboj, který je krutě potlačován. Osvobození přichází v říjnu 1944.
Po válce ekonomika ostrova Naxos stála na exportu brambor, vína, sýrů a smirku (emery). První turistická vlna přichází až v 80. letech 20. století. Postupně se ostrov stává oblíbeným cílem turistů a buduje turistickou infrastrukturu. Zajímavostí je, že přes 85 % hotelů, pensionů a dalšího ubytování vlastní místní rodiny, nikoliv velké nadnárodní řetězce.